享受高企优惠的企业通常情况下也存在研发费加计扣除项目，而享受研发费加计扣除的企业并不一定为高企。
一、人员人工费用
差异：
1、高企科技人员除直接从事研发活动的人员外，还包括了直接从事研发和技术创新的管理和提供直接技术服务的人员。
如：不直接从事研发项目的董事、总经理；研发试制产品的检测检验人员，虽不是“直接从事”该项研发活动，但只要分别符合 “专门从事研发和技术创新活动的管理”、“直接提供技术服务”的条件，在计算高企人员比例时可计入。
但在计算研发费加计扣除时需剔除。
2、高企中的科技人员需累计实际工作时间满183天，一般情况下以签订的劳动合同或者劳务合同、工资发放记录等相关材料为主要形式要件。
研发费加计扣人工费则无实际工作时长限制。
如：企业劳务外聘一名研发人员参与研发项目中一子项目，如该劳务外包项目仅用60天完成交付，该人员在计算研发加计扣除人工费时可计入，计算高企人员比例时因不满183天需剔除。
二、直接投入费用
高企与研发费加计扣除直接投入费用均包含研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用；用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费；用于研发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用，以及通过经营租赁方式租入的用于研发活动的仪器、设备租赁费。
差异：
高企直接投入费用除上述费用外还包含经营租赁方式租入的用于研发活动的屋租金。
如：企业的办公场所、实验室、试制车间等能合理分摊研发项目与非研发项目，其租金可计入高企研发费范畴，但不可享受加计扣除。
三、折旧费用及长期待摊费用
高企与研发费加计扣除中的折旧费用均包含研发活动的仪器、设备的折旧费。
差异：
高企除上述外还包含：
1、在用建筑物的折旧费；2、研发设施的改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。
四、无形资产摊销
高企与研发费加计扣除中的无形资产摊销均包含用于研发活动的软件、非专利技术的摊销费用。
差异：除上述项目外高新还包含“知识产权”摊销，而研发费加计扣除还包含“专利权”摊销,二者存在一定差异。
五、设计试验等费用
高企：设计费用、装备调试费用、试验费用（包括新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费、田间试验费等。
研发费加计扣除：新产品设计费、新工艺规程制定费、新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费。
差异：
二者关于设计实验费的描述基本相同，但高企中存在“等”兜底条款，而研发费加计扣除范围正列举范围。
六、其他相关费用
高企：与研究开发活动直接相关的其他费用，包括技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费，研发成果的检索、论证、评审、鉴定、验收费用，知识产权的申请费、注册费、代理费，会议费、差旅费、等。
研发费加计扣除：与研发活动直接相关的其他费用，如技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费，研发成果的检索、分析、评议、论证、鉴定、评审、评估、验收费用，知识产权的申请费、注册费、代理费，差旅费、会议费等。
差异：
1、高新技术企业在列举范围之外依然留有“等”兜底条款，研发费加计扣除其他费用范围正列举范围。
2、高新技术企业中的其他费用一般不得超过研究开发总费用的20，而研发费加计扣除这一限额则为10。
七、委托研发费
对于企业委托外部机构或个人开展研发活动发生的费用，高企研发费及可加计扣除范围异同如下：
相同点：
1、研究开发活动成果都必须为委托方企业拥有了；
2、需按照委托研发费实际发生额的80计入委托方研发费用计算优惠口径。
不同点：
1、高新技术企业委托境内外机构或个人进行研发开发产生的费用均可计入研发费总额口径，而研发费加计扣除范围则仅限于委托境内机构或个人。
八、财务核算要求
高新技术企业与研发费加计扣除企业在财务核算上均需要设立研发开发费用辅助账目，且若同时进行多项研发活动的，应按照不同研发项目分别归集，对研发和生产经营共用项目发生的费用分别核算，准确、合理归集。
但研发费加计扣除对于辅助账设置要求更为明细，如果企业同时存在高新技术及研发费加计扣除两项优惠，则建议企业可先参照2015年97号公告所附样式，设置研发支出辅助账、编制研发支出辅助账汇总表以享受研发费加计扣除优惠，再根据辅助账数据归集填写报送“企业年度研究开发费用结构明细表”。
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